Một nhược điểm của cây splay là chiều cao của cây có thể là tuyến tính. Chẳng hạn, trường hợp này xảy ra khi truy cập lần lượt n phần tử của cây theo thứ tự tăng dần. Do chiều cao tương ứng với thời gian tìm kiếm, thời gian tìm kiếm trong trường hợp xấu nhất cũng là tuyến tính. Tuy nhiên cũng cần ghi chú là chi phí trừ dần trong trường hợp xấu nhất là O(log n).

Cây splay thay đổi cấu trúc rất nhiều ngay cả khi thực hiện thao tác tìm kiếm (trong khi chẳng hạn, cây đỏ đen không thực hiện thay đổi nào khi tìm kiếm). Điều này khiến việc sử dụng cây splay trong môi trường đa luồng rất phức tạp và kém hiệu quả hơn các cây khác.